O Skoda Fabia pode ser considerado como um dos subcompactos mais seguros do mundo. O modelo obteve cinco estrelas no teste de segurança do Euro NCAP 2014, e registrou desempenho favorável em quatro quesitos: proteção dos passageiros adultos, segurança das crianças, sistemas de assistência de segurança e proteção para pedestres.
Assim, ele se destaca como apenas um dos 14 carros da categoria a conquistar cinco estrelas.
Já a versão comercializada no Reino Unido traz sistemas anti-colisão frontal, sistema de freios multicolisão, reconhecimento de fadiga, limitador de velocidade, monitoramento da pressão dos pneus, dentre outras tecnologias.
Como ítem de série, o Skoda Fabia também apresenta seis airbags e cinco cintos de segurança de três pontas